6.1 α多样性分析 EMP_alpha_analysis

alpha多样性分析是最常用的微生物下游分析方法之一，主要用于评估物种的丰富度。模块EMP_alpha_analysis基于相对丰度数据，内置了六种常见的alpha多样性分析方法（包括：shannon指数、simpson指数、invsimpson指数、observerd_index、chao1、和ACE），并提供了常规的统计分析和可视化功能。

6.1.1 使用绝对丰度进行多样性分析

🏷️示例：

MAE |>
  EMP_assay_extract(experiment='taxonomy') |> 
  EMP_alpha_analysis()

6.1.2 使用相对丰度进行多样性分析

🏷️示例：

MAE |>
  EMP_assay_extract(experiment='taxonomy') |> 
  EMP_decostand(method = 'relative') |>
  EMP_alpha_analysis()

6.1.3 对接可视化差异性分析

🏷️示例1：

MAE |>
  EMP_assay_extract(experiment='taxonomy') |> 
  EMP_alpha_analysis() |>
  EMP_boxplot(estimate_group='Group',method='t.test')

🏷️示例2：

MAE |>
  EMP_assay_extract(experiment='taxonomy') |> 
  EMP_alpha_analysis() |>
  EMP_boxplot(estimate_group='Group',method='t.test',
              plot_category='violin',dot_size=4)